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| 外部サイト | 公式サイト Wikipedia |
| 音楽 | OP : ブルーウォーター / 森川美穂 ED : Yes, I will… / 森川美穂 |
| キャスト/製作陣 | アニメーション制作: (グループ・タック) アニメーション制作: (GAINAX) |
第1回 エッフェル塔の少女
1889年、パリ。万国博覧会にやって来た発明好きの少年･ジャンは、セーヌ川の岸辺で見掛けた少女･ナディアに一目ぼれ。そこへ、ナディアの持つ宝石“ブルーウォーター”を狙う3人組が現れ…。
第2回 小さな逃亡者
悪党3人組から逃れることができたナディアは、ル･アーブルにあるジャンの家で夜を明かす。しかし翌朝、3人組が万能戦車･グラタンで再び襲ってきた。ナディアとジャンは、ジャンが発明した飛行機で逃げることに。
第3回 謎の大海獣
3人組から何とか逃れることのできたジャンとナディアだが、飛行機が故障し海に不時着。偶然パトロール中のアメリカ戦艦に助けられるが、ほっとしたのも束の間、今度は謎の大海獣が現れ戦艦と戦闘を始めてしまう。
第4回 万能戦艦ノーチラス号
謎の大海獣と戦艦の戦闘中に、海に投げ出され取り残されてしまったジャンとナディア。すると2人の前に最新の装備を持つ潜水艦が現れる。その中で2人はエレクトラと名乗る女性から親切なもてなしを受ける。
第5回 マリーの島
ジャンとナディアは飛行機でフランスに向かう。だが、突然攻撃を受け飛行機は近くの島に墜落、しかもその島は謎の侵略者に占領されていた。何とか再会した2人は、侵略者に両親を奪われた少女･マリーと出会い…。
第6回 孤島の要塞
マリーが侵略者に捕らえられてしまった。ジャンとナディアは彼女を救い出すため、島の中心にある秘密基地へ潜入することに。2人はそこで、ノーチラス号と闘っていた潜水艦を目にするのだが…。
第7回 バベルの塔
ジャンを庇い捕らわれの身となったナディア。ネオ･アトランティスの首領･ガーゴイルは、マリーとキングを人質にして組織への協力を迫る。一方、ジャンはナディアたちを救出するため基地の中心部へ向かう。
第8回 ナディア救出作戦
グランディスたち悪党3人組と再会したジャンは、ナディアを助け出すため力を合わせることに。ジャンと対面したガーゴイルは、ナディアたちの命と引き換えにブルー･ウォーターの在りかを聞き出そうとする。
第9回 ネモの秘密
ネオ･アトランティスの基地が崩壊し、グラタンで海へ逃げ出したジャンたちはノーチラス号に助けを求め、ネモの判断で救出される。ナディアは浮かない顔だが、ジャンとハンソンはノーチラス号の科学力に大喜びする。
第10回 グラタンの活躍
ネモの命令で部屋を分けられ、ケンカをしてしまったジャンとナディア。一方、ノーチラス号はガーゴイルの飛行船･カルカロドンを追撃するが、逆に地下水道で新型の浮遊機雷に囲まれてしまい…。
第11回 ノーチラス号の新入生
活躍が認められ、グランディスたちは見習い乗組員となった。客員になったナディアも何か役に立とうと、調理場でグランディスを手伝うが失敗ばかり。一方、エンジン室に迷い込んだジャンが目にしたものは…。
第12回 グランディスの初恋
魚料理に飽きて不満を漏らすハンソンたちを見かねたネモは“狩りの日”を設け、ノーチラス号は無人島に上陸。次々と島に繰り出す船員の多さに驚くジャンたち。その夜、グランディスはナディアに自分の過去を語る。
第13回 走れ!マリー
小鹿を狩ったことに激怒したナディアはジャンとケンカになる。ほかの船員たちも忙しく、構ってもらえないマリーはキングと島の探検に出掛ける。途中、古い線路を見つけて遊んでいた彼女は迷子になってしまい…。
第14回 ディニクチスの谷
ガーフィッシュを追い、再び海に出るノーチラス号。そんな時、マリーが灼熱病にかかり、ナディアも倒れてしまい、2人ともあと2日の命と診断される。病気を治すには、リーフ64と呼ばれる特別な薬草が必要だった。
第15回 ノーチラス最大の危機
花すら戦艦内で作ってしまうノーチラス号の科学力にますます感動するジャン、逆に反発するナディア。そんな折、ノーチラス号はガーフィッシュとの戦闘で損害を受けてしまい、修理のために海上へ浮上するが…。
第16回 消えた大陸の秘密
全ての争いの元となっているブルーウォーターを持つ自らの運命に悩み、苦しむナディア。一方、有毒ガスにより犠牲となったフェイトたちを埋葬するため、ノーチラス号は“沈める寺院”と呼ばれる海底遺跡へ向かう。
第17回 ジャンの新発明
父の死を知り、その敵を討つためノーチラス号の正式な乗組員を志願したジャンだったが、ネモに断られてしまう。すっかり落ち込むジャンを、ナディアは「またジャンの飛行機で飛んでみたいな」と元気づける。
第18回 ノーチラス対ノーチラス号
戦闘補修によって資材が不足したノーチラス号は、補給のため南極にある秘密基地へと向かうが、途中で謎の物体に捕らえられてしまう。それは何億年も前に生きていたとされる巨大なオウム貝･ノーチラスだった。
第19回 ネモの親友
南極大陸の地下に広がる秘密基地に到着したノーチラス号。ネモはジャンとナディアを連れてある場所へと向かう。その途中には、遥か太古に絶滅したさまざまな生物たちが氷で保存された氷の博物館があった。
第20回 ジャンの失敗
ジャンは発明に没頭し、自らのアイデアで小型ジェット機を造り上げる。しかし打ち上げに失敗し、その上爆発によってノーチラス号はガーフィッシュに見つかってしまう。ネモたちに怒られるジャンを見たナディアは…。
第21回 さよなら…ノーチラス号
ノーチラス号は、集中攻撃を仕掛けたガーフィッシュを撃沈。だが、空中戦艦からガーゴイルのスーパーキャッチ光線が発射され、ノーチラス号は空中に引き上げられる。さらに原子振動砲によって船体は破壊され…。
第22回 裏切りのエレクトラ
ネモ船長は乗組員をメインブロックに集め、戦闘ブロックを切り離した。自爆した戦闘ブロックがガーフィッシュを全滅させ、メインブロックのみとなったノーチラス号はガーゴイルの手を逃れるのだが…。
第23回 小さな漂流者
ナディアとジャン、マリーとキングを乗せた船長室は、ゆっくりと海中を進んで行く。何とか浸水の危機を乗り越え、船長室はとある砂浜に漂着する。そこでマリーはガーゴイルのマークが入った缶詰を見つけ…。
第24回 リンカーン島
一夜明け、ナディアは「科学文明と縁を切って生きていく」と森の中へ行ってしまった。一方、ジャンはマリーやキングと船長室から食料や水、資材などを運び出し、島で生活していく準備を整える。
第25回 はじめてのキス
「肉を食べない」と一方的に宣言したナディアはジャンに怒ってばかり。そして、腐ったホウレンソウの缶詰を食べて寝込んでしまう。ジャンはナディアのために薬草を探しに出掛け、怪しげなキノコを発見する。
第26回 ひとりぼっちのキング
ジャンにあらためて感謝し、すっかり優しくなったナディアの様子を見て激しく傷つき、動揺するキング。そして仲良く寄り添うジャンとナディアを目撃し、家出をしてしまう。ジャンたちはキングを捜しに行くが…。
第27回 魔女のいる島
リンカーン島を激しい台風が襲う。小屋は吹き飛ばされ、ジャンが発明した装置も崩壊し、キングは強風に吹き飛ばされてしまう。台風が去った夜、流されて来た見慣れない島でナディアたちはキングの姿を見つけるが…。
第28回 流され島
エアトンが脅える“恐怖の大王”から逃げるナディアたち。しかし、“恐怖の大王”とはグラタンのことだった。その中から懐かしいグランディスたち3人組が現れ、ナディアたちは思わぬ再会を喜び合う。
第29回 キング対キング
ジャンとナディアは相変わらず言い争いが絶えず、グランディスはネモへの思いが募るばかり。そんな中、サンソンとハンソンはふとしたことからケンカになり、エアトンがレースで決着をつけることを提案する。
第30回 地底の迷路
グラタンの修理が完了する日が近づいていた。目指す場所はアフリカ東海岸。そんな中、エアトンがグランディスを誘いグラタンに乗り込んでワインを飲み、出掛けてしまう。それを知ったサンソンとハンソンは激怒し…。
第31回 さらば、レッドノア
遺跡で突然壁に吸い込まれたナディアは、島の中の大空洞に浮かんでいた。そこは衛星都市･レッドノア。そしてナディアの前にM78星雲の宇宙人に作られたという謎の巨人が現れ、アトランティス人の歴史を語りだす。
第32回 ナディアの初恋…？
潜水を始めた島からグラタンで避難したジャンやグランディスたちは、途中でガーゴイルの空中戦艦から攻撃を受け、アフリカのある村に不時着する。ナディアはそこで出会った少年･ハマハマに一目ぼれしてしまう。
第33回 キング救助作戦
キングを捕らえて宝を要求してきたのは、グランディスの初恋の相手で、彼女から全財産を奪った男･ゴンザレスだった。さらに、キングを助けに向かったグランディスとナディアまでもが捕らわれてしまう。
第34回 いとしのナディア
失恋し、すっかり落ち込むナディア。ジャンはサンソンから歌を作るようアドバイスされ、全ての科学技術を投入し新しい発明に取り掛かる。ところが、発明に熱中して構ってくれないジャンにナディアは苛立ってしまう。
第35回 ブルー・ウォーターの秘密
グラタンが到着したナディアの故郷･タルテソスは大きな火山湖だった。何かに導かれるように湖の中を進むナディア。すると湖水が割れ、謎の地下遺跡が現れる。一同はブルーウォーターの力によって地下道を進み…。
第36回 万能戦艦Ｎ（ニュー）-ノーチラス号
ネオ･アトランティスの空中戦艦からジャンたちを守るため、捕らわれの身となったナディア。だがガーゴイルは約束を破り攻撃を開始する。逃げるジャンたちは、間一髪のところをエレクトラに助けられる。
第37回 ネオ皇帝
N-ノーチラス号は、アフリカ大陸の地下トンネルを使って空中戦艦の攻撃を回避していた。一方、ネオ皇帝の力によりブルーウォーターが発動し、レッドノアは完全復活する。ナディアは彼が何者であるかを知り…。
第38回 宇宙（そら）へ…
パリ上空で、N-ノーチラス号とレッドノアの戦いの火蓋が切って落とされた。レッドノアの周囲には電磁バリアが張られ、苦戦を強いられる。何とかバリアをこじ開けたグラタンがバベルの塔の破壊に突き進むが…。
最終回 星を継ぐ者…
ナディアの兄･ネオはガーゴイルにより機械化され操られていた。奇跡的に自らの意識を取り戻したネオは、命を懸けてナディアを洗脳から解放する。意識を取り戻したナディアはガーゴイルに反発するが…。
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